Medicinska bilder/Genomförande bildrekonstruktion
För att kunna göra laborationen behöver du en PC-dator med MATLAB, version 7 eller senare, eller likvärdigt program.
Förberedande instruktioner
[redigera]- Hämta en zip-fil som består av ett antal Matlab-filer och sinogram från matlabs sida.
- Spara zip-filen i underkatalogen MATLAB i My Documents och expandera alla filer där.
- Starta MATLAB7 från skrivbordet.
- Dubbelklick på filen start_imgreclab.m (en MATLAB-kodfil) som nu finns i underkatalogen MATLAB i My Documents.
- Kör (engelska: Run) filen. Det skall nu öppnas fönster med knappar och menyer på datorskärmen som du ska använda för att lösa uppgifterna i denna laboration.
- Öppna Word, Open Office eller motsvarande för att skriva svaren på frågorna i laboartionen.
- Öppna paint, eller motsvarande, så att du genom att använda print screen'-knappen på datorn kan klistra in de färdiga resultaten i paint och redigera så att du får en bild du kan sätta in i rapporten.
Uppgift 1
[redigera]Öppna sinogrammet sinogramf.mat och rekonstruera motsvarande bild genom att testa ett antal kombinationer av nedan uppräknade parametrar tills du får den bästa bilden:
- olika antal projektioner
- olika rekonstruktionsfilter
- olika interpoleringsmetoder
- Presentera resultatet och ange motsvarande optimala val av dessa tre parametrar.
- Print screen och kopiera in en bild av slutresultatet, och gärna ett annat exempel, i rapporten.
Uppgift 2
[redigera]Förklara hur dessa tre parametrar påverkar rekonstruktionsresultatet. Titta på dokumentationen som tillhör MATLAB-funktionen iradon, vilket står för Invers Radon Transform. Där står det vad dessa namn på filter och interpoleringsmetoder betyder. Du kan antingen söka efter ordet iradon i MATLAB-help, skriva i MATLABs kommandoradsfönster: help iradon och trycka på enter eller läsa på denna länken.
Uppgift 3-5
[redigera]För följande sinogramfiler skall du upprepa proceduren i uppgift 1 och 2.
Uppgift 3: sinogram1.mat Uppgift 4: sinogram2.mat Uppgift 5: sinogram3.mat
Uppgift 6
[redigera]- Vad föreställer de fyra bilder?
- Med vilken modalitet genererades de (CT, MRI, PET eller SPECT)? Ange varför du anser det?
Uppgift 7
[redigera]Det finns något ologiskt, en typ av systemfel, med någon av dessa bilder. Vad är det och vad tror du det beror på?
Inlämning
[redigera]Renskriv och maila till läraren inom en vecka.