Medicinska bilder/Genomförande bildrekonstruktion

För att kunna göra laborationen behöver du en PC-dator med MATLAB, version 7 eller senare, eller likvärdigt program.

Förberedande instruktioner

1. Hämta en zip-fil som består av ett antal Matlab-filer och sinogram från matlabs sida.
2. Spara zip-filen i underkatalogen MATLAB i My Documents och expandera alla filer där.
3. Starta MATLAB7 från skrivbordet.
4. Dubbelklick på filen start_imgreclab.m (en MATLAB-kodfil) som nu finns i underkatalogen MATLAB i My Documents.
5. Kör (engelska: Run) filen. Det skall nu öppnas fönster med knappar och menyer på datorskärmen som du ska använda för att lösa uppgifterna i denna laboration.
6. Öppna Word, Open Office eller motsvarande för att skriva svaren på frågorna i laboartionen.
7. Öppna paint, eller motsvarande, så att du genom att använda print screen'-knappen på datorn kan klistra in de färdiga resultaten i paint och redigera så att du får en bild du kan sätta in i rapporten.

Uppgift 1

Öppna sinogrammet sinogramf.mat och rekonstruera motsvarande bild genom att testa ett antal kombinationer av nedan uppräknade parametrar tills du får den bästa bilden:

1. olika antal projektioner
2. olika rekonstruktionsfilter
3. olika interpoleringsmetoder

1. Presentera resultatet och ange motsvarande optimala val av dessa tre parametrar.
2. Print screen och kopiera in en bild av slutresultatet, och gärna ett annat exempel, i rapporten.

Uppgift 2

Förklara hur dessa tre parametrar påverkar rekonstruktionsresultatet. Titta på dokumentationen som tillhör MATLAB-funktionen iradon, vilket står för Invers Radon Transform. Där står det vad dessa namn på filter och interpoleringsmetoder betyder. Du kan antingen söka efter ordet iradon i MATLAB-help, skriva i MATLABs kommandoradsfönster: help iradon och trycka på enter eller läsa på denna länken.

Uppgift 3-5

För följande sinogramfiler skall du upprepa proceduren i uppgift 1 och 2.

Uppgift 3: sinogram1.mat Uppgift 4: sinogram2.mat Uppgift 5: sinogram3.mat

Uppgift 6

1. Vad föreställer de fyra bilder?
2. Med vilken modalitet genererades de (CT, MRI, PET eller SPECT)? Ange varför du anser det?

Uppgift 7

Det finns något ologiskt, en typ av systemfel, med någon av dessa bilder. Vad är det och vad tror du det beror på?

Inlämning

Renskriv och maila till läraren inom en vecka.